W Akademii Prawdziwego Krzyża Rin Okumura przypadkowo zauważa pierwsze oznaki, że coś jest nie tak – zwykli ludzie zaczynają dostrzegać niewidzialne istoty, które wędrują po ludzkim świecie, znanym jako Assiah. Rin postrzega to jako okazję do znalezienia nowego przyjaciela, jednak jego brat bliźniak, Yukio, jest przytłoczony tą sytuacją bardziej niż kiedykolwiek. Zmagając się z nauką, obowiązkami egzorcysty i pracą nauczyciela, Yukio milczy na temat swoich przebudzonych mocy, nie potrafiąc zrozumieć ich skali ani znaczenia.

Podczas gdy Rin i jego przyjaciele przygotowują się do corocznego Egzaminu Certyfikacyjnego Egzorcystów, Zakon Prawdziwego Krzyża odkrywa pierwszą sztuczną bramę prowadzącą do demonicznego świata Gehenny. Widząc jej rozmiar i zaawansowaną technologię, która umożliwiła jej stworzenie, egzorcystów ogarnia niepokój – zdają sobie sprawę, że mają do czynienia z Iluminatami, niezwykle bogatą i potężną organizacją. Co więcej, tajemniczy Iluminaci ulokowali trzech szpiegów w Zakonie Prawdziwego Krzyża – a jeden z nich może ukrywać się wśród aspirujących egzorcystów, przysięgających chronić ludzkość przed demonicznym zagrożeniem.