Akcja rozgrywa się krótko po wydarzeniach z "Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo". Shinji, Asuka i Rei przemierzają zniszczoną Ziemię po Trzecim Uderzeniu, starając się znaleźć schronienie i nawiązać kontakt z organizacją WILLE. Shinji, dotknięty wcześniejszymi wydarzeniami, stracił chęć do życia i przeżywa emocjonalny upadek, czując się za nie odpowiedzialny. Tymczasem Gendo Ikari szykuje się do wprowadzenia Projektu Dopełnienia Ludzkości w końcową fazę, by wreszcie osiągnąć swoje cele. WILLE przygotowuje się do ostatecznego starcia z NERV, mając nadzieję powstrzymać zbliżające się Ostateczne Uderzenie.