Edward, Alphonse i Winry wyruszają w nową podróż, chcąc odnaleźć odpowiedzi dotyczące Kamienia Filozoficznego i ludzi, którym mogą jeszcze zaufać. Tymczasem Hughes coraz bardziej zbliża się do odkrycia niebezpiecznej prawdy ukrytej wewnątrz armii. Gdy śledztwo zaczyna odsłaniać powiązania między tajemniczymi wydarzeniami, sytuacja szybko przeradza się w tragedię, która wstrząśnie wszystkimi.