Edward i Alphonse próbują odkryć tajemnicę wschodniej alchemii, podczas gdy ludzie Mustanga zostają rozdzieleni do różnych bazach wojskowych. W cieniu tych wydarzeń Scar i Marcoh ruszają na północ w poszukiwaniu odpowiedzi związanych z przeszłością, a do gry powraca niebezpieczny Kimblee.