Edward i Alphonse wracają do Central, gdzie odkrywają, że biblioteka skrywająca badania Marcoha została doszczętnie spalona. Dzięki jednej z pracownik udaje im się jednak dotrzeć do mrocznego sekretu Kamienia Filozoficznego. Trop prowadzi braci do tajemniczego Piątego Laboratorium, gdzie czeka ich coś znacznie bardziej niebezpiecznego, niż mogli przypuszczać…