W Laboratorium Edward i Alphonse zostają rozdzieleni i trafiają na przeciwników, którzy skrywają pewną tajemnicę. Podczas brutalnych walk na jaw zaczynają wychodzić kolejne sekrety związane z Kamieniem Filozoficznym, a bracia muszą zmierzyć się nie tylko z niebezpieczeństwem, ale też z wątpliwościami dotyczącymi własnej przeszłości i istnienia.