Takeru budzi się trzy lata po zakończeniu "Muv-Luv Unlimited" w swoim pokoju. Mimo tego, że początkowo myśli, że wszystko co mu się przydarzyło było snem, szybko zauważa, że coś jest nie tak, a następnie opuszcza dom i zauważa, że został cofnięty w czasie do początku akcji z "Unlimited". Niechętny zaakceptować coś takiego jak Alternative V, postanawia pomóc profesor Kouzuki w ukończeniu Alternative IV i ocaleniu ludzkości.