Równowaga światów jest utrzymywana przez bohaterów. Nagle na jeden z tych światów, zwany Neo World, spada meteor. Młodzieniec z amnezją o imieniu Wukong Impulse Gundam pojawia się w miejscu, w którym wylądował. Chaos, który zaczął się od tego incydentu, powoli rozprzestrzenia się na inne światy.

W tym samym czasie, Zhuge Liang Freedom Gundam dowiaduje się o zbliżającej się katastrofie. On i jego przyjaciel Liu Bei Unicorn Gundam podejmują działania, aby uratować światy przed kryzysem i rozpoczynają wspólną podróż.