Anime opowiada o równoległym świecie, w którym zamiast techniki rozwinięto alchemię. Żyje tam dwójka braci, Edward oraz Alphonse Elric, których ojcem jest jeden z najlepszych alchemików w całym państwie. Wkrótce ich ojciec zostawia rodzinę i wyrusza w podróż, z której już nie wraca. Chłopcy dorastają ucząc się alchemii i są w tym całkiem nieźli. Ich mama, Trisha, po kilku latach zapada jednak na tajemnicza chorobę i umiera. Chłopcy zdesperowani i samotni postanawiają złamać odwieczną zasadę Alchemii i wskrzesić swoją matkę. Niestety okazuje się to katastrofalnym błędem, a bohaterowie muszą ponieść konsekwencje - Al traci ciało, a Ed lewą nogę i prócz tego prawe ramię, którą poświęca w zamian za zamknięcie duszy brata w starej zbroi. Po tych wydarzeniach bliska przyjaciółka rodziny pomaga naszym bohaterom w tej trudnej dla nich sytuacji, a Ed otrzymuje mechaniczne kończyny. Gdy wszystko wraca do „normy”, bracia wyruszają w pełną niebezpieczeństw i tajemnic wyprawę - aby odzyskać ciała, postanawiają odnaleźć słynny kamień filozoficzny.